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RNA逆轉錄實驗常見問題及解決方案

更新時間:2025-09-19  |  點擊率:188

  RNA逆轉錄實驗常見問題及解決方案

  1. ?RNA模板降解?

  問題?:RNA易被RNase降解,導致cDNA合成失敗或產量低。

  解決方案?:

  全程冰上操作,使用RNase-free耗材(如槍頭、離心管)?。

  加入RNase抑制劑(如RiboLock)保護RNA?。

  通過瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA完整性(28S/18S條帶比例應為2:1)?。

  2. ?RNA定量不準確?

  問題?:RNA濃度過高(>5μg)或過低(<100pg)影響逆轉錄效率。

  解決方案?:

  使用分光光度計(A260/A280=1.8-2.1)或熒光定量儀精確測定濃度?。

  避免過量上樣,防止高豐度基因優先逆轉錄導致定量偏差?。

  3. ?基因組DNA(gDNA)污染?

  問題?:殘留gDNA干擾qPCR結果,導致假陽性。

  解決方案?:

  使用DNase I處理RNA模板?。

  引物設計跨外顯子,避免擴增gDNA?。

  選擇含gDNA去除功能的逆轉錄試劑盒?。

  4. ?引物選擇不當?

  問題?:引物與模板不匹配,導致cDNA合成不完整。

  解決方案?:

  Oligo dT引物?:適用于真核mRNA(需polyA尾),但需高質量RNA?。

  隨機引物?:適用于原核RNA或降解樣本,但產物片段較短?。

  混合引物?:Oligo dT+隨機引物組合可提高全長cDNA產量?。

  5. ?RNA二級結構影響?

  問題?:高GC含量或復雜結構阻礙逆轉錄酶延伸。

  解決方案?:

  65℃預變性5分鐘破壞二級結構?。

  使用耐高溫逆轉錄酶。

  6. ?逆轉錄酶活性不足?

  問題?:酶失活或效率低導致cDNA合成失敗。

  解決方案?:

  選擇高保真逆轉錄酶。

  優化反應溫度(42-50℃)和緩沖體系?。

  7. ?cDNA質量驗證失敗?

  問題?:無法通過PCR或qPCR檢測目標基因。

  解決方案?:

  擴增內參基因(如GAPDH)驗證cDNA完整性?。

  若內參正常但目的基因無擴增,需檢查引物設計或模板質量?。

  總結

  RNA逆轉錄實驗需嚴格把控RNA質量、引物選擇及反應條件。若遇問題,可優先排查模板降解、gDNA污染及酶活性等關鍵因素?。

  注:以上僅供參考,不作為實際數據,實驗需嚴格遵循說明或咨詢技術老師。

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